Mangekyo Sharingan - najwyższa forma Sharingana, budzona jedynie u nielicznych przedstawicieli klanu Uchiha, którzy przeżyli traumatyczny wstrząs, zazwyczaj związany ze śmiercią najdroższej osoby. Wzór tomoe w oku przekształca się w unikalny dla każdego posiadacza rysunek, przypominający łopatki wiatraczka. Te oczy nazywane są "niebiańskimi oczami, bez przeszkód widzącymi prawdę wszelkiego istnienia".
Oprócz zachowania i wzmocnienia wszystkich podstawowych zdolności Sharingana, Mangekyo Sharingan darzy posiadacza potężnymi unikalnymi dōjutsu, które zazwyczaj różnią się dla lewego i prawego oka. I tak, Itachi Uchiha władał Amaterasu i Tsukuyomi, Sasuke Uchiha - Amaterasu i Kagutsuchi, pozwalającym kontrolować kształt czarnego płomienia, Obito Uchiha i Kakashi Hatake - czasoprzestrzennym Kamui, a Shisui Uchiha - Kotoamatsukami, doskonałym genjutsu sugestii. Ten, kto opanował siły Mangekyo w obu oczach, zyskuje dostęp do Susanoo - gigantycznego awatara z czakry. Niektórzy posiadacze, jak Madara i Sasuke, posiadają "bezpośrednie tomoe", darzące zwiększoną zmiennością ruchów w walce.
Każde użycie technik Mangekyo powoduje kolosalne obciążenie: zużywana jest ogromna ilość czakry, ciało przeszywa rozdzierający ból, a wzrok nieodwracalnie spada, a nadmierne używanie prowadzi do całkowitej ślepoty. Przywrócić utracone światło może jedynie przeszczep oczu krewnego, najlepiej rodzonego brata, co tworzy Wieczny Mangekyo Sharingan. Uchiha mogą również programować aktywację technik Mangekyo przy określonych warunkach, a program ten pozostaje aktywny nawet po śmierci twórcy.
Przeszczepiony Mangekyo Sharingan może być używany przez nie-Uchiha, przy czym są oni w stanie swobodnie włączać i wyłączać go, choć koszty czakry są dla nich odczuwalnie wyższe niż dla prawdziwego posiadacza. Co więcej, Mangekyo pozwala głębiej odczytywać kamienną tablicę klanu Uchiha, odkrywając wiedzę niedostępną zwykłemu Sharinganowi.
