Uchiha Madara jest jednym z największych mistrzów ninjutsu w historii shinobi, którego umiejętności w wieku 25 lat już przewyższały praktycznie wszystkich żyjących wojowników. Jako przedstawiciel klanu Uchiha, osiągnął niezwykłe wysokie w użyciu żywiołu ognia — jego techniki Katon były na tyle potężne, że były w stanie pokrywać ogromne terytoria płomieniem, nie wymagając przy tym skomplikowanych znaków. Madara wirtuozowo opanował zarówno podstawowe techniki ognia, jak i opracował własne unikalne wariacje, które demonstrowały pełną kontrolę nad płomiennym żywiołem.
W odróżnieniu od wielu przedstawicieli swojego klanu, Madara posiadał zdolność wykorzystywania żywiołu In, co pozwalało mu tworzyć iluzje i manipulować cienową energią. Ta zdolność łączyła się z jego genialnym genjutsu, czyniąc go niemal niepokonanym przeciwnikiem w konfrontacji umysłowej. Jednak prawdziwa siła Madary ujawniała się dzięki jego unikalnym oczom dōjutsu.
Posiadając Mangekyō Sharingan, Madara uzyskał dostęp do technik niedostępnych dla zwykłych użytkowników Sharingana. Mógł wykorzystywać Susanoo — ogromnego wojownika z czakrą, posiadającego niezwykłą moc niszczącą. Nawet niepełna forma Susanoo pozwalała mu walczyć na równych z całymi armiami shinobi, a pełna forma czyniła go praktycznie niezniszczalnym. Ponadto Mangekyō Sharingan obdarzył go unikalnymi technikami, specyficznymi właśnie dla jego oczu.
Opanowanie Madary w taijutsu i bukijutsu uzupełniało jego arsenał ninjutsu. Wirtuozowo posługiwał się variś — tradycyjną bronią klanu Uchiha, zdolną odbijać i wzmacniać techniki ognia. Jego styl walki łączył w sobie potężne techniki dystansowe z niewiarygodną szybkością i siłą walki wręcz. Madara mógł używać broni z taką precyzją, że metalowe wachlarze stawały się śmiertelnie niebezpieczne nawet na dużych odległościach.
