Yamato est un ninja réservé, prudent et extrêmement responsable. Il se prépare toujours minutieusement aux missions et garde son calme même dans les situations critiques. Ancien membre de l'Anbu, il prend très au sérieux les ordres et exige qu'on l'appelle par son nom de code actuel. Il a un sens de l'humour sec et ne recule pas devant « gérer la peur » — son célèbre « visage effrayant aux yeux vides » terrorise Naruto, qui commence même à parler poliment. Malgré son extérieur austère, Yamato n'est pas dénué de gentillesse et de préoccupation pour ses camarades, notamment Naruto, dont il aide à maîtriser le pouvoir du Neuf-Queues. Il possède une grande capacité de travail, mais en raison de cela, on le surcharge souvent de travail, surtout lorsqu'il s'agit de reconstruire le village grâce à l'élément Bois. Yamato aime l'architecture, et son passe-temps est la lecture de livres sur la construction, qu'il prend plaisir à combiner avec la création de maisons en bois pour passer la nuit. Il est peu loquace, mais ses paroles sont toujours précises et pesantes. En combat, il agit rationnellement, évaluant les forces de l'adversaire et ne prenant pas de risques inutiles. Après s'être attaché à l'Équipe 7, il s'inquiète sincèrement pour Naruto et ses amis, allant jusqu'à enfreindre les ordres pour les aider.