El Mangekyo Sharingan es la forma superior del Sharingan, que solo despiertan unos pocos miembros del clan Uchiha que han sufrido una conmoción traumática, generalmente relacionada con la muerte de la persona más querida. El patrón de tomoe en el ojo se transforma en un dibujo único para cada portador, que recuerda a las aspas de un molinete. Estos ojos son llamados "ojos celestiales que ven sin obstáculos la verdad de todo lo existente".
Además de conservar y potenciar todas las habilidades básicas del Sharingan, el Mangekyo Sharingan otorga a su dueño poderosos dōjutsu únicos, que generalmente difieren entre el ojo izquierdo y el derecho. Así, Itachi Uchiha poseía Amaterasu y Tsukuyomi, Sasuke Uchiha poseía Amaterasu y Kagutsuchi, que permite controlar la forma de las llamas negras, Obito Uchiha y Kakashi Hatake poseían el espacio-temporal Kamui, y Shisui Uchiha poseía Kotoamatsukami, un genjutsu de sugestión perfecto. Quien domina los poderes del Mangekyo en ambos ojos obtiene acceso a Susanoo, un avatar gigante de chakra. Algunos portadores, como Madara y Sasuke, poseen el "tomoe directo", que otorga una mayor versatilidad de movimientos en combate.
Cada uso de las técnicas del Mangekyo provoca una carga colosal: se consume una enorme cantidad de chakra, el cuerpo es atravesado por un dolor insoportable y la visión se deteriora irreversiblemente, y el uso excesivo lleva a la ceguera total. Solo el trasplante de ojos de un pariente consanguíneo, idealmente un hermano, puede devolver la luz perdida, formando el Mangekyo Sharingan Eterno. Los Uchiha también pueden programar la activación de las técnicas del Mangekyo bajo ciertas condiciones, y este programa permanece activo incluso después de la muerte de su creador.
Un Mangekyo Sharingan trasplantado puede ser utilizado por alguien que no sea Uchiha, siendo capaces de activarlo y desactivarlo libremente, aunque el coste de chakra para ellos es notablemente mayor que para el portador original. Además, el Mangekyo permite descifrar más profundamente la tablilla de piedra del clan Uchiha, revelando conocimientos inaccesibles para el Sharingan común.
