Le Mangekyo Sharingan est la forme suprême du Sharingan, éveillée uniquement chez quelques membres du clan Uchiwa ayant survécu à un choc traumatique, généralement lié à la mort de la personne la plus chère. Le motif de tomoe dans l'œil se transforme en un dessin unique pour chaque porteur, rappelant les pales d'un moulinet. Ces yeux sont appelés « yeux célestes, voyant sans entrave la vérité de toute chose ».
En plus de conserver et de renforcer toutes les capacités de base du Sharingan, le Mangekyo Sharingan confère à son possesseur de puissants dōjutsu uniques, qui diffèrent généralement entre l'œil gauche et l'œil droit. Ainsi, Itachi Uchiwa possédait Amaterasu et Tsukuyomi, Sasuke Uchiwa possédait Amaterasu et Kagutsuchi, permettant de contrôler la forme des flammes noires, Obito Uchiwa et Kakashi Hatake possédaient le Kamui spatio-temporel, et Shisui Uchiwa possédait Kotoamatsukami, un genjutsu de suggestion parfait. Celui qui maîtrise les pouvoirs du Mangekyo dans les deux yeux obtient l'accès à Susanoo, un avatar géant de chakra. Certains porteurs, comme Madara et Sasuke, possèdent un « tomoe direct », conférant une mobilité accrue au combat.
Chaque utilisation des techniques du Mangekyo provoque une charge colossale : une énorme quantité de chakra est dépensée, le corps est transpercé par une douleur atroce, et la vue diminue irréversiblement, une utilisation excessive menant à la cécité totale. Seule une greffe des yeux d'un parent par le sang, idéalement d'un frère, peut rendre la lumière perdue, formant ainsi le Mangekyo Sharingan Éternel. Les Uchiwa peuvent également programmer le déclenchement des techniques du Mangekyo sous certaines conditions, et ce programme reste actif même après la mort de son créateur.
Un Mangekyo Sharingan greffé peut être utilisé par un non-Uchiwa, et ils peuvent librement l'activer et le désactiver, bien que la dépense de chakra soit nettement plus élevée pour eux que pour le véritable porteur. De plus, le Mangekyo permet de déchiffrer plus profondément la tablette de pierre du clan Uchiwa, révélant des connaissances inaccessibles au Sharingan ordinaire.
