La Técnica de Clonación con Sombras Múltiples es una versión avanzada de la Clonación con Sombras normal. La diferencia entre ellas no está en la esencia de la técnica en sí, sino en la cantidad de clones creados. Incluso un único clon de sombra consume la mitad de todo el chakra del usuario (debido a la división), por lo que la versión estándar se considera segura solo para jōnin y superiores. La versión múltiple, en cambio, crea de inmediato decenas, cientos y, a veces, en el caso de Naruto Uzumaki, hasta mil copias, lo que requiere un gasto colosal de chakra. Precisamente por este peligro, el Primer Hokage declaró la técnica prohibida y selló la información sobre ella en el Pergamino de los Sellos.
Naruto es una de las pocas excepciones: gracias a su enorme reserva de chakra, incluido el chakra del Nueve Colas, puede usar esta técnica sin peligro para su vida. En condiciones normales, un shinobi medio rara vez crea más de cinco clones de sombra a la vez, mientras que Naruto maneja libremente cientos. El propio Naruto a menudo no distingue las dos técnicas en su forma de hablar, llamando a cualquiera de ellas simplemente «Técnica de Clonación con Sombras».
El propósito principal de los múltiples clones es el ataque: rodean al enemigo por todos los lados y atacan simultáneamente, dominándolo por el número. Además del combate, Naruto usó esta técnica para un aprendizaje acelerado. Durante el entrenamiento del Rasengan del elemento Viento, creaba muchos clones para acumular experiencia en paralelo y en pocos días completó años de práctica.
Asimismo, gracias precisamente a esta técnica, Naruto acabó convirtiéndose en un excelente experto en taijutsu. Al participar en constantes batallas usando clones de sombra, absorbía la experiencia del combate cuerpo a cuerpo con increíbles multiplicadores como una esponja.
También existe una «versión Kakashi» especial: cuando Kakashi Hatake estaba agotado y declaró que no podría luchar contra los bandidos de Gato, aun así creó decenas de sus copias para asustar a los enemigos con solo su aspecto y obligarlos a retroceder, aunque en realidad apenas representaban algo.
