Genes de Orochimaru

En este período, Kabuto pierde definitivamente su orientación. La muerte de Orochimaru, a quien siguió durante muchos años, lo deja sin identidad. Él mismo confiesa que no sabe quién es, y decide seguir el camino de Naruto: crearse de nuevo, pero no mediante el reconocimiento, sino mediante la fuerza. Aspira a superar a Orochimaru, absorbiendo sus restos y volviéndose más fuerte. Kabuto se vuelve aún más calculador, cínico y manipulador. Está dispuesto a usar cualquier medio para alcanzar su objetivo, incluyendo chantajes y amenazas. Negocia fríamente con Tobi, exigiendo a Sasuke a cambio de su ayuda con los ninjas resucitados. Aún así, dentro de él sigue ardiendo la gratitud: le regala a Naruto un libro con información sobre Akatsuki como señal de agradecimiento por haberle indicado el camino. Kabuto está obsesionado con la idea de convertirse en un «ser perfecto», pero esa obsesión aún no ha alcanzado la locura total. Conserva una mente analítica, calma e incluso cierta cortesía, aunque con un toque de superioridad.