La fundación de Otogakure ocurrió después de que Orochimaru abandonara Akatsuki. Él buscaba un lugar donde pudiera realizar libremente experimentos sobre la extensión de la vida y el estudio de todas las técnicas. Al infiltrarse en el País de los Campos de Arroz, convenció al daimyo local de permitirle crear allí una aldea oculta, tras lo cual renombró el país como País del Sonido. Formalmente, Orochimaru afirmaba que el objetivo de la aldea era dar refugio a shinobi que no quisieran someterse a las prioridades militares de las grandes potencias, pero en realidad era una fachada para sus verdaderas intenciones.
Para fortalecer sus fuerzas, Orochimaru utilizó los clanes locales sobrevivientes, como Fuma y Shi, así como atrajo a fugitivos de otras aldeas. Kimimaro, su servidor leal, jugó un papel clave en la unificación de los restos dispersos de estos clanes, prometiendo la restauración de su antiguo estatus. Así, Otogakure obtuvo sus primeros guerreros.
Durante los exámenes de chunin en Konoha, Orochimaru envió al Equipo Dos, compuesto por sus subordinados, con el objetivo de matar a Sasuke Uchiha. Más tarde, engañó a Sunagakure para involucrarla en una invasión conjunta a Konoha, utilizando a Otogakure como su fuerza de choque. Durante este ataque, murió el Tercer Hokage, y los brazos de Orochimaru fueron sellados, lo que debilitó temporalmente su influencia.
En los años siguientes, Otogakure continuó funcionando como una red de bases. Hidan y Kakuzu la visitaron en busca de jinchuriki, guiándose por los mapas obtenidos en la organización. Tras la muerte temporal de Orochimaru en el enfrentamiento con Sasuke, la aldea cayó en decadencia, y sus bases fueron abandonadas o pasaron bajo el control de Sasuke y su equipo Hebi.
El renacimiento de Otogakure comenzó después de la Cuarta Guerra Mundial. Orochimaru, resucitado y habiendo replanteado sus acciones, concluyó la paz con Konoha.
