Nagato creció como un niño sensible que tendía rápidamente a las lágrimas cuando veía el sufrimiento de su entorno. Bajo la influencia de Yahiko intentó reprimir este rasgo, pero Jiraiya lo convenció más tarde de que la capacidad de sentir el dolor de otros es una fortaleza que permite ser más amable. En su juventud Nagato odiaba matar y se conmocionó por su primera matanza forzada, pero para proteger a sus amigos superó a sí mismo.
Después de la muerte de Yahiko, Nagato cambió drásticamente. Adoptó el nombre de Pain, se declaró a sí mismo dios y asumió la misión de traer la paz al mundo a través del dolor. Está convencido de que las personas nunca se entenderán sin el dolor compartido y por tanto está dispuesto a destruir aldeas enteras para crear breves períodos de calma en la cadena interminable del odio. A pesar de la crueldad de sus métodos, conserva restos de su antigua nobleza: es indulgente con quienes están dispuestos a cooperar, llora a sus compañeros caídos de Akatsuki, no tolera insultos hacia sus aliados y trata a los enemigos fuertes con respeto.
Como líder de Akatsuki, Nagato irradia carisma y tranquila confianza en sí mismo. Es paciente con la insolencia de Hidan, llama a su comportamiento infantil, y no duda en entrar en combate con cualquier oponente. En conversaciones sobre la naturaleza de la guerra es razonable e incluso filosófico, pero sus visiones sobre la humanidad son pesimistas: cree que siempre se encontrarán razones para la guerra porque el conflicto está arraigado en la naturaleza humana. Sin embargo, en lo más profundo de su alma reconoce que él mismo sigue siendo solo un hombre común que busca la paz a través de los medios a su disposición.
