La Aldea Oculta de la Lluvia fue fundada en un pequeño país, situado estratégicamente entre las tres Grandes Aldeas: la Aldea Oculta de la Hoja, la Aldea Oculta de la Arena y la Aldea Oculta de la Roca. Debido a su ubicación geográfica, este país se convirtió repetidamente en un campo de batalla para conflictos armados entre grandes potencias, lo que dejó su huella en toda la historia del asentamiento.
Durante mucho tiempo, la aldea estuvo bajo el mando de Hanzō, un poderoso shinobi que ganó notoriedad como "Hanzō el Salamandra". Su régimen se caracterizó por el intento de independencia, sin embargo, los desacuerdos internos y la constante presión externa debilitaron su posición. En este período, en la aldea surgió la organización Akatsuki, un grupo de shinobi pacíficos que aspiraban a la paz mediante esfuerzos diplomáticos.
Cuando Akatsuki intentó establecer relaciones pacíficas con Hanzō, su líder Yahiko fue asesinado como resultado de una traición. Este evento se convirtió en un punto de inflexión en la historia de la aldea. Nagato, tras perder a su querido amigo, asumió el nombre de Dolor y comenzó una transformación radical de Akatsuki. Al obtener el Rinnegan, derrocó a Hanzō y estableció en la aldea un nuevo orden, basado en la idea de alcanzar la paz mediante el miedo y el control.
Bajo el liderazgo de Dolor, la Aldea Oculta de la Lluvia sufrió cambios significativos. Se implementaron tecnologías avanzadas de vigilancia, el pueblo fue reconstruido considerando altos niveles de seguridad. La aldea se cerró a sí misma, prácticamente dejando de tener contacto con el mundo exterior. El período de gobierno de Pain se caracterizó tanto por la estabilización interna como por la participación en conflictos globales bajo el amparo de la organización Akatsuki transformada.
