En su juventud, Nagato es un joven sensible y propenso a la ansiedad, que soporta con dificultad el sufrimiento de quienes le rodean. Solía llorar a menudo durante su infancia, y aunque bajo la influencia de Yahiko intentó reprimir este hábito, su naturaleza seguía siendo tierna. Jiraiya le explicó que la capacidad de sentir el dolor de los demás no es una debilidad, sino una fuerza que permite ser más bondadoso, y Nagato tomó esta enseñanza muy a pecho. No le gusta matar y todavía recuerda su primera vez, cuando tuvo que quitarle la vida a un ninja de Iwa, protegiendo a sus amigos.
Cree sinceramente en los ideales de Yahiko y ve su papel en apoyar a su amigo, no en ser el líder. Nagato no aspira al poder ni a la fama, aunque su Rinnegan ya entonces inspira reverencia en quienes le rodean. Reflexiona más que otros sobre la naturaleza del mundo y sobre cómo detener las guerras interminables, pero aún no ha desarrollado su propio camino: sigue a Yahiko, creyendo que su amigo sabe cómo alcanzar la paz.
Sin embargo, Nagato posee una fuerza interior que se revela en momentos de peligro extremo. Cuando las vidas de sus amigos están en peligro, deja de dudar y actúa con una determinación asombrosa. Valora mucho a Konan y Yahiko y está dispuesto a todo por protegerlos. En su trato con extraños es reservado y poco hablador, pero con los cercanos puede ser abierto.
