Szkieletowe Susanoo to początkowe stadium techniki Susanoo, najwyższej zdolności Mangekyō Sharingana. Użytkownik tworzy wokół siebie gigantyczny awatar z chakry, ale na tym etapie przejawia się jedynie jego szkieletowa struktura. Najczęściej materializują się żebra do podstawowej ochrony lub jedna ręka do interakcji z otoczeniem. Szkieletowe Susanoo działa jako przedłużenie woli użytkownika: porusza się razem z nim i może zadawać ciosy lub blokować ataki. W miarę rozwoju techniki szkielet obrasta muskulaturą, skórą i zbroją, przekształcając się w inne formy. Nawet w szkieletowej formie Susanoo wymaga ogromnych nakładów chakry i jest dostępne tylko dla tych, którzy przebudzili Mangekyō Sharingan w obojgu oczach.