Geny Orochimaru

W tym okresie Kabuto całkowicie traci orientację. Śmierć Orochimaru, za którym podążał przez wiele lat, pozbawia go tożsamości. On sam przyznaje, że nie wie, kim jest, i postanawia iść drogą Naruto — stworzyć siebie na nowo, ale nie przez uznanie, a przez siłę. Dąży do przewyższenia Orochimaru, wchłaniając jego szczątki i stając się silniejszym. Kabuto staje się jeszcze bardziej wyrachowany, cyniczny i manipulacyjny. Gotów jest użyć wszelkich środków, aby osiągnąć cel, w tym szantaż i groźby. Z zimną krwią handluje z Tobi, żądając Sasuke w zamian za pomoc wskrzeszonych ninja. Mimo to w nim jeszcze tli się wdzięczność — podarowuje Naruto książkę z informacjami o Akatsuki jako znak wdzięczności za to, że wskazał mu drogę. Kabuto jest opętany ideą stanie się «doskonałą istotą», ale ta obsesja jeszcze nie przerodziła się w pełne szaleństwo. Zachowuje analityczny sposób myślenia, spokój i nawet pewną uprzejmość, choć z nutą przewagi.