Nagato dorastał jako wrażliwe dziecko, które łatwo wpadało w łzy, widząc cierpienie swojego otoczenia. Pod wpływem Yahiko próbował stłumić tę cechę, ale Jiraiya później przekonał go, że zdolność odczuwania bólu innych jest siłą, która pozwala być życzliwszym. W młodości Nagato nienawidził zabijania i był wstrząśnięty swoim pierwszym wymuszonym zabójstwem, ale aby chronić przyjaciół, przezwyciężył siebie.
Po śmierci Yahiko Nagato zmienił się drastycznie. Przyjął imię Pain, ogłosił się bogiem i przejął misję przyniesienia światu pokoju przez ból. Jest przekonany, że ludzie nigdy się nie zrozumieją bez wspólnego bólu, i dlatego gotów jest niszczyć całe wioski, aby stworzyć krótkie okresy spokoju w niekończącym się łańcuchu nienawiści. Mimo okrucieństwa swoich metod zachowuje resztki dawnej szlachetności: jest łaskaw dla tych, którzy są gotowi współpracować, opłakuje poległych towarzyszy z Akatsuki, nie akceptuje zniewag wobec swoich sojuszników i traktuje silnych przeciwników z szacunkiem.
Jako przywódca Akatsuki emanuje charyzmą i spokojną pewnością siebie. Jest cierpliwy wobec Hidanego zuchwałości, nazywa jego zachowanie dziecinne i nie waha się walczyć z każdym przeciwnikiem. W rozmowach o naturze wojny jest racjonalny, a nawet filozoficzny, ale jego poglądy na ludzkość są pesymistyczne: wierzy, że powody do wojny zawsze się znajdą, ponieważ konflikt jest zakorzeniony w naturze człowieka. Głęboko w duszy jednak dostrzega, że sam pozostaje zwykłym człowiekiem, który szuka pokoju dostępnymi mu środkami.
