Młody

W młodości Nagato to wrażliwy i skłonny do przeżywań młodzieniec, który ciężko znosi cierpienia otaczających. Często płakał w dzieciństwie i choć pod wpływem Yahiko próbował stłumić ten nawyk, jego natura pozostała łagodna. Jiraiya wyjaśnił mu, że umiejętność odczuwania bólu innych to nie słabość, ale siła pozwalająca być życzliwszym, i Nagato przyjął tę naukę do serca. Nie lubi zabijać i nadal pamięta swój pierwszy raz, gdy musiał pozbawić życia ninja z Iwy, chroniąc przyjaciół.

Szczerze wierzy w ideały Yahiko i widzi swoją rolę w wsparciu przyjaciela, a nie w byciu liderem. Nagato nie dąży do władzy i sławy, choć jego Rinnegan już wtedy budzi w otoczeniu szacunek. Bardziej niż inni zastanawia się nad naturą świata i tym, jak zakończyć niekończące się wojny, ale nie wypracował jeszcze własnej drogi — podąża za Yahiko, wierząc, że jego przyjaciel wie, jak osiągnąć pokój.

Jednocześnie Nagato posiada wewnętrzną siłę, która objawia się w momentach skrajnego niebezpieczeństwa. Gdy życie przyjaciół jest zagrożone, przestaje wahać się i działa z zadziwiającą determinacją. Bardzo ceni sobie Conan i Yahiko i jest gotów na wszystko dla ich ochrony. W kontaktach z obcymi jest powściągliwy i małomówny, ale z bliskimi może być otwarty.