La Technique du Clonage par Ombre Multiple est une version étendue du Clonage par Ombre ordinaire. La différence entre elles ne réside pas dans l'essence même de la technique, mais dans le nombre de clones créés. Même un seul clone d'ombre prélève la moitié de toute l'énergie (chakra) de l'utilisateur (à cause de la division), c'est pourquoi la version standard est considérée comme sûre uniquement pour les jonin et au-dessus. La version multiple, elle, crée d'un coup des dizaines, des centaines, et chez Naruto Uzumaki — parfois même un millier de copies, ce qui exige une dépense colossale de chakra. C'est précisément à cause de ce danger que le Premier Hokage a déclaré la technique interdite et a scellé les informations la concernant dans le Parchemin des Sceaux.
Naruto est l'une des rares exceptions : grâce à son énorme réserve de chakra, y compris le chakra du Dévoreur de Neuf Queues (Kurama), il peut utiliser cette technique sans danger pour sa vie. Dans des conditions normales, un shinobi moyen crée rarement plus de cinq clones d'ombre à la fois, alors que Naruto manipule librement des centaines. Naruto lui-même ne distingue souvent pas ces deux techniques dans son discours, appelant l'une comme l'autre simplement « Technique du Clonage par Ombre ».
La principale fonction des nombreux clones est l'attaque : ils encerclent l'adversaire de tous les côtés et attaquent simultanément, le submergeant par le nombre. Outre le combat, Naruto a utilisé cette technique pour un entraînement accéléré. Lors de l'entraînement du Rasengan de l'élément Vent, il créait de nombreux clones afin d'accumuler de l'expérience en parallèle, et a achevé en quelques jours des années de pratique.
C'est aussi grâce à cette technique que Naruto est finalement devenu un excellent spécialiste du taijutsu. En participant à des combats incessants utilisant les clones d'ombre, il absorbait l'expérience du combat rapproché avec des multiplicateurs incroyables, comme une éponge.
Il existe également une « version Kakashi » particulière : lorsque Kakashi Hatake était épuisé et a déclaré qu'il ne pourrait pas se battre contre les bandits de Gato, il a tout de même créé des dizaines de ses copies pour effrayer les ennemis par le seul spectacle et les forcer à battre en retraite, alors qu'en réalité elles ne valaient probablement pas grand-chose.
