Le Susanoo squelettique est le stade initial de la technique Susanoo, la capacité suprême du Mangekyō Sharingan. L'utilisateur crée autour de lui un avatar géant de chakra, mais à ce stade seule sa structure squelettique se manifeste. Le plus souvent, les côtes se matérialisent pour une protection de base, ou un seul bras pour interagir avec l'environnement. Le Susanoo squelettique agit comme le prolongement de la volonté de l'utilisateur : il se déplace avec lui et peut porter des coups ou bloquer des attaques. Au fur et à mesure que la technique se développe, le squelette se couvre de musculature, de peau et d'armure, se transformant en d'autres formes. Même sous sa forme squelettique, le Susanoo exige d'énormes dépenses de chakra et n'est accessible qu'à ceux qui ont éveillé le Mangekyō Sharingan dans les deux yeux.