Gènes d'Orochimaru

Durant cette période, Kabuto perd définitivement ses repères. La mort d'Orochimaru, auquel il avait obéi pendant de nombreuses années, le laisse sans identité. Il avoue lui-même ne pas savoir qui il est, et décide de suivre le chemin de Naruto — se recreer soi-même, mais pas par la reconnaissance, mais par la force. Il aspire à surpasser Orochimaru, en absorbant ses restes et en devenant plus fort. Kabuto devient encore plus calculateur, cynique et manipulateur. Il est prêt à employer tous les moyens pour atteindre son objectif, y compris le chantage et les menaces. Il négocie froidement avec Tobi, exigeant Sasuke en échange de son aide avec des ninjas ressuscités. Toutefois, en lui subsiste encore une certaine gratitude — il offre à Naruto un livre contenant des informations sur l'Akatsuki en signe de reconnaissance pour lui avoir montré la voie. Kabuto est obsédé par l'idée de devenir un « être parfait », mais cette obsession n'est pas encore devenue une folie totale. Il conserve un esprit analytique, son calme et même une certaine politesse, bien que teintée de supériorité.