El Susanoo Esquelético es la etapa inicial de la técnica Susanoo, la habilidad suprema del Mangekyō Sharingan. El usuario crea a su alrededor un avatar gigantesco de chakra, pero en esta etapa solo se manifiesta su estructura esquelética. Con mayor frecuencia se materializan las costillas para una defensa básica o un solo brazo para interactuar con el entorno. El Susanoo Esquelético actúa como una prolongación de la voluntad del usuario: se mueve junto con él y puede propinar golpes o bloquear ataques. A medida que la técnica se desarrolla, el esqueleto se recubre de musculatura, piel y armadura, transformándose en otras formas. Incluso en su forma esquelética, el Susanoo exige un enorme gasto de chakra y solo está disponible para quienes han despertado el Mangekyō Sharingan en ambos ojos.