Edo Tensei

En estado de resurrección, Nagato conserva la plena claridad mental y todos sus recuerdos, lo que hace su situación especialmente tortuosa. Él es consciente de que lo usan como un instrumento, y no tiene la capacidad de resistir mientras Kabuto controla sus acciones. A pesar de esto, se mantiene fiel a sí mismo: se alegra sinceramente al ver que Naruto finalmente ha obtenido el control sobre el Nueve Colas, aunque no se sorprende por ello, sabiendo que ambos aprendieron de Jiraiya. No siente odio hacia quienes lo obligan a luchar, e incluso en plena batalla intenta ayudar a los oponentes, dándoles consejos sobre cómo neutralizar sus propias técnicas.

En él se percibe una profunda fatiga de la vida vivida y pesar por sus actos. Él entiende que su propio camino fue erróneo, y ahora, después de la muerte, quiere expiar su culpa de alguna manera. Sus palabras se vuelven proféticas: ve en Naruto la continuación del legado de Jiraiya y cree que precisamente Naruto podrá completar lo que no logró ni el maestro, ni él mismo. En el momento en que Kabuto suprime su personalidad, Nagato pierde la capacidad de hablar y actuar por su propia voluntad, convirtiéndose en un arma sin alma. Pero después de que Itachi lo libera del control, recobra su identidad y se despide de Naruto con esperanza y una sonrisa.