Das Ewige Mangekyo Sharingan ist die endgültige Form des Mangekyo Sharingans, die durch die Transplantation der Augen eines Blutsverwandten mit der stärksten Bindung, idealerweise eines leiblichen Bruders, erreicht wird. Dieses Verfahren stellt nicht nur die verlorene Sehkraft vollständig wieder her, sondern beseitigt auch dauerhaft alle negativen Folgen der Verwendung des Dōjutsu: Die quälenden Schmerzen verschwinden, der Chakrakverbrauch sinkt auf ein kaum merkliches Minimum, und die Augen verlieren nie wieder ihr Licht.
Bei der Verschmelzung vereint das Augenmuster die Merkmale beider Träger, jedoch gehen die Techniken der transplantierten Augen verloren, während die Fähigkeiten der ursprünglichen Augen des Besitzers erhalten bleiben und verstärkt werden. Die Augen werden weiterhin als die des ursprünglichen Besitzers erkannt und reagieren auf Techniken, die speziell auf ihn abzielen. Laut Madara Uchiha dient die Erlangung des Ewigen Mangekyo Sharingans als Beweis dafür, dass ein Shinobi des Uchiha-Clans trotz erlittener Verluste weiter voranschreitet.