Mangekyō Sharingan – die höchste Form des Sharingan, die nur bei wenigen Mitgliedern des Uchiha-Clans erwacht, die ein traumatisches Erlebnis durchgemacht haben, meist verbunden mit dem Tod des wichtigsten Menschen. Das Tomoe-Muster im Auge verwandelt sich in ein für jeden Träger einzigartiges Design, das an die Schaufeln eines Windrades erinnert. Diese Augen werden als „himmlische Augen, die ungehindert die Wahrheit aller Dinge sehen" bezeichnet.
Neben der Beibehaltung und Verstärkung aller grundlegenden Fähigkeiten des Sharingan verleiht das Mangekyō Sharingan dem Besitzer mächtige einzigartige Dōjutsu, die sich in der Regel für das linke und rechte Auge unterscheiden. So besaß Itachi Uchiha Amaterasu und Tsukuyomi, Sasuke Uchiha Amaterasu und Kagutsuchi, das die Kontrolle über die Form der schwarzen Flammen ermöglicht, Obito Uchiha und Kakashi Hatake das raumzeitliche Kamui, und Shisui Uchiha Kotoamatsukami, ein perfektes Genjutsu der Suggestion. Wer die Kräfte des Mangekyō in beiden Augen beherrscht, erhält Zugang zu Susanoo – einem gigantischen Avatar aus Chakra. Einige Träger wie Madara und Sasuke besitzen ein „direktes Tomoe", das eine erhöhte Bewegungsvariabilität im Kampf verleiht.
Jede Anwendung der Mangekyō-Techniken verursacht eine enorme Belastung: Es wird eine immense Menge an Chakra verbraucht, der Körper wird von qualvollen Schmerzen durchdrungen, und das Sehvermögen nimmt irreversibel ab; übermäßiger Gebrauch führt zur völligen Erblindung. Das verlorene Licht kann nur durch eine Augentransplantation eines Blutsverwandten, idealerweise eines leiblichen Bruders, zurückgebracht werden, was das Ewige Mangekyō Sharingan bildet. Die Uchiha können auch die Auslösung von Mangekyō-Techniken unter bestimmten Bedingungen programmieren, und dieses Programm bleibt selbst nach dem Tod des Erschaffers aktiv.
Ein transplantiertes Mangekyō Sharingan kann von Nicht-Uchiha verwendet werden, wobei sie es frei ein- und ausschalten können, obwohl der Chakra-Verbrauch für sie deutlich höher ist als für den wahren Träger. Darüber hinaus ermöglicht das Mangekyō eine tiefere Entschlüsselung der Steintafel des Uchiha-Clans und offenbart Wissen, das dem gewöhnlichen Sharingan unzugänglich ist.
