Die Gründung Otogakure erfolgte nachdem Orochimaru die Akatsuki verlassen hatte. Er suchte einen Ort, an dem er ohne Hindernisse Experimente zur Lebensverlängerung und zum Studium aller Techniken durchführen konnte. Nachdem er das Reisland eingedrungen war, überzeugte er den örtlichen Daimyō, ihm die Erlaubnis zu geben, dort ein verstecktes Dorf zu gründen, woraufhin er das Land in das Land des Klangs umbenannte. Formal behauptete Orochimaru, dass das Ziel des Dorfes darin bestand, Zuflucht für Shinobi zu bieten, die den Militärprioritäten der Großmächte nicht unterliegen wollten, doch tatsächlich war dies nur ein Vorwand für seine wahren Absichten.
Um seine Kräfte zu stärken, nutzte Orochimaru die erhaltenen einheimischen Klans wie Fuma und Shi sowie Flüchtlinge aus anderen Dörfern. Kimimaro, sein treuer Diener, spielte eine Schlüsselrolle bei der Vereinigung der zerstreuenden Überreste dieser Klans, indem er ihnen die Wiederherstellung ihres früheren Status versprach. Auf diese Weise erhielt Otogakure ihre ersten Kämpfer.
Während der Chunin-Prüfungen in Konoha sandte Orochimaru das Team Dos, bestehend aus seinen Untergebenen, mit dem Ziel, Sasuke Uchiha zu töten. Später täuschte er Sunagakure vor, sich an einem gemeinsamen Einfall in Konoha zu beteiligen, wobei er Otogakure als seine Stoßtruppe nutzte. Bei diesem Angriff starb der Dritte Hokage, und die Hände Orochimarus wurden versiegelt, was seinen Einfluss vorübergehend schwächte.
In den folgenden Jahren funktionierte Otogakure weiterhin als Netzwerk von Basen. Hidan und Kakuzu besuchten sie in der Suche nach Jinchūriki, indem sie Karten nutzten, die aus der Organisation erlangt wurden. Nach dem vorübergehenden Tod Orochimarus im Kampf gegen Sasuke verfiel das Dorf, seine Basen wurden verlassen oder gingen unter die Kontrolle von Sasuke und seinem Team Hebi über.
Die Wiedergeburt Otogakures begann nach dem Vierten Weltkrieg. Orochimaru, wiedererweckt und seine Handlungen überdenkend, schloss Frieden mit Konoha.
