Gene von Orochimaru

In diesem Zeitraum verliert Kabuto endgültig seine Orientierung. Der Tod Orochimarus, dem er jahrelang gefolgt ist, lässt ihn ohne Identität zurück. Er selbst gesteht ein, dass er nicht weiß, wer er ist, und beschließt, den Weg von Naruto einzuschlagen — sich neu zu erschaffen, jedoch nicht durch Anerkennung, sondern durch Macht. Er strebt danach, Orochimaru zu übertreffen, indem er dessen Überreste aufnimmt und stärker wird. Kabuto wird noch berechnender, zynischer und manipulativer. Er ist bereit, jedes Mittel einzusetzen, um sein Ziel zu erreichen, einschließlich Erpressung und Drohungen. Er verhandelt kalt mit Tobi und verlangt Sasuke im Austausch für die Hilfe wiederbelebter Ninja. Dabei glimmt in ihm immer noch Dankbarkeit auf — er schenkt Naruto ein Buch mit Informationen über die Akatsuki als Zeichen seiner Anerkennung dafür, dass dieser ihm den Weg gewiesen hat. Kabuto ist besessen von der Idee, ein 'vollkommenes Wesen' zu werden, doch diese Besessenheit ist noch nicht in völligen Wahnsinn übergegangen. Er bewahrt einen analytischen Verstand, Ruhe und sogar einige Höflichkeit, albeit mit einem Hauch von Überlegenheit.