Orochimaru ist ein Genie, dessen Charakter durch den frühen Tod seiner Eltern und die Schrecken des Zweiten Ninja-Weltkriegs geprägt wurde. Tsunade nennt ihn sogar in der Kindheit «verdorben». Sein Hauptziel ist es, alle Geheimnisse der Welt zu erkunden und alle Techniken zu beherrschen; dafür strebt er nach Unsterblichkeit. Er verachtet die Zerbrechlichkeit des menschlichen Lebens und glaubt, dass nur Ewigkeit wahres Wissen ermöglichen kann. In ihm entwickelte sich ein gottähnlicher Komplex: Er schätzt nur sich selbst und jene, die seinen Zwecken dienen. seinen Untergebenen begegnet er wie einem Verbrauchsmaterial, doch zugleich kann er ein echtes Interesse an ihrer Entwicklung zeigen, wenn er Potenzial sieht. Orochimaru ist sadistisch, er liebt es, Angst zu säen und das Leiden anderer zu beobachten, doch tut er dies nicht aus einfacher Grausamkeit, sondern aus wissenschaftlicher Neugier. Er ist hochmütig und neigt dazu, Gegner zu unterschätzen, was manchmal zu schwerwiegenden Folgen führt (wie im Kampf gegen Itachi oder gegen Hiruzen). Gleichzeitig besitzt er einen scharfsinnigen Verstand und strategisches Denken. Verrat ist für ihn natürlich: Er zögerte nicht, den Vierten Kazekage zu töten, um Sunagakure zu manipulieren, und verließ die Akatsuki, als er erkannte, dass er den Körper von Itachi nicht erhalten kann. Seine Haltung gegenüber Sasuke ist eine Mischung aus Bewunderung seines Genies und raubtierhaftem Verlangen, seinen Körper zu besitzen. Orochimaru ist ein Sammler «selterener Exemplare»: Menschen mit einzigartigen Fähigkeiten (Kimimaro, Jugo, Sasuke), die er als Ressourcen anhäuft.
