Nagato wuchs als sensibles Kind auf, das schnell zu Tränen neigte, wenn es das Leid seiner Umgebung sah. Unter Yahikos Einfluss versuchte er, diesen Zug zu unterdrücken, aber Jiraiya überzeugte ihn später davon, dass die Fähigkeit, den Schmerz anderer zu spüren, eine Stärke ist, die es einem ermöglicht, freundlicher zu sein. In seiner Jugend hasste Nagato das Töten und war schockiert über seine erste erzwungene Tötung, aber um seine Freunde zu schützen, überwand er sich selbst.
Nach Yahikos Tod veränderte sich Nagato drastisch. Er nahm den Namen Pain an, erklärte sich selbst zum Gott und übernahm die Mission, der Welt Frieden durch Schmerz zu bringen. Er ist überzeugt, dass Menschen sich niemals verstehen werden ohne gemeinsamen Schmerz, und ist daher bereit, ganze Dörfer zu zerstören, um kurze Perioden der Ruhe in der endlosen Kette des Hasses zu schaffen. Trotz der Grausamkeit seiner Methoden bewahrt er Reste seiner früheren Noblesse: Er ist gnädig gegenüber denen, die bereit sind zu kooperieren, trauert um seine gefallenen Akatsuki-Kameraden, billigt keine Beleidigungen gegenüber seinen Verbündeten und behandelt starke Gegner mit Respekt.
Als Anführer der Akatsuki strahlt Nagato Charisma und ruhige Selbstsicherheit aus. Er ist geduldig mit Hidans Frechheit, nennt sein Verhalten kindisch, und zögert nicht, in den Kampf mit jedem Gegner einzutreten. In Gesprächen über die Natur des Krieges ist er vernünftig und sogar philosophisch, aber seine Ansichten über die Menschheit sind pessimistisch: Er glaubt, dass Gründe für den Krieg immer gefunden werden, weil Konflikt in der menschlichen Natur verankert ist. Tief in seiner Seele jedoch erkennt er, dass er selbst nur ein gewöhnlicher Mensch bleibt, der Frieden durch die ihm zur Verfügung stehenden Mittel sucht.
