Das Dorf des versteckten Regens wurde in einem kleinen Land gegründet, das strategisch zwischen den drei großen Dörfern liegt – dem Dorf des versteckten Blatts, dem Dorf des versteckten Sands und dem Dorf des versteckten Steins. Aufgrund seiner geografischen Lage war dieses Land wiederholt das Schlachtfeld von bewaffneten Konflikten zwischen Großmächten, was einen tiefen Einfluss auf die gesamte Geschichte der Siedlung hatte.
Während langer Zeit stand das Dorf unter der Führung von Hanzō, einem mächtigen Shinobi, der als „Hanzō, die Salamander“ bekannt wurde. Seine Herrschaft war von einem Streben nach Unabhängigkeit geprägt, doch innere Uneinigkeiten und ein ständiger äußerer Druck schwächten seine Position. In dieser Zeit entstand im Dorf die Organisation Akatsuki – eine Gruppe friedliebender Shinobi, die durch diplomatische Anstrengungen Frieden erreichen wollten.
Als Akatsuki versuchte, friedliche Beziehungen zu Hanzō aufzubauen, wurde ihr Führer Yahiko durch Verrat getötet. Dieses Ereignis wurde zum Wendepunkt in der Geschichte des Dorfes. Nagato, der seinen engen Freund verloren hatte, nahm den Namen Schmerz an und begann eine radikale Transformation von Akatsuki. Durch den Erwerb des Rinnegan stürzte er Hanzō und etablierte im Dorf eine neue Ordnung, die auf der Idee beruht, Frieden durch Angst und Kontrolle zu erreichen.
Unter der Führung von Schmerzen durchlief das Dorf des versteckten Regens erhebliche Veränderungen. Moderne Überwachungstechnologien wurden eingeführt, die Stadt wurde mit Blick auf hohe Sicherheitsstandards umgebaut. Das Dorf schloss sich weitgehend von der Außenwelt ab. Die Zeit der Herrschaft von Pain war geprägt von innerer Stabilisierung sowie von der Teilnahme an globalen Konflikten unter dem Banner der transformierten Organisation Akatsuki.
