In seiner Jugend ist Nagato ein sensibler und leicht verstörter Junge, der das Leid seiner Mitmenschen schwer erträgt. Er weinte oft in seiner Kindheit, und obwohl er unter Yahikos Einfluss versuchte, diese Gewohnheit zu unterdrücken, blieb seine Natur sanft. Jiraiya erklärte ihm, dass die Fähigkeit, den Schmerz anderer zu spüren, keine Schwäche, sondern eine Stärke ist, die es ermöglicht, freundlicher zu sein, und Nagato nahm diese Lehre sehr zu Herzen. Er tötet nicht gerne und erinnert sich noch immer an sein erstes Mal, als er das Leben eines Iwa-Ninjas nehmen musste, um seine Freunde zu beschützen.
Er glaubt aufrichtig an Yahikos Ideale und sieht seine Rolle darin, seinen Freund zu unterstützen, anstatt ein Anführer zu sein. Nagato strebt nicht nach Macht und Ruhm, obwohl sein Rinnegan damals bereits Ehrfurcht bei den Menschen um ihn herum hervorrief. Er grübelt mehr als andere über die Natur des Friedens und darüber, wie man die endlosen Kriege beenden kann, hat aber noch keinen eigenen Weg gefunden – er folgt Yahiko und glaubt, dass sein Freund weiß, wie man Frieden erreicht.
Gleichzeitig besitzt Nagato innere Stärke, die sich in Momenten äußerster Gefahr offenbart. Wenn das Leben seiner Freunde bedroht ist, zögert er nicht mehr und handelt mit erstaunlicher Entschlossenheit. Er schätzt Konan und Yahiko sehr und ist bereit, alles für ihren Schutz zu tun. Im Umgang mit Fremden ist er zurückhaltend und wortkarg, aber mit Nahestehenden kann er offen sein.
