Im wiederbelebten Zustand behält Nagato die volle geistige Klarheit und all seine Erinnerungen, was seine Lage besonders qualvoll macht. Er ist sich bewusst, dass er als Werkzeug benutzt wird, und hat keine Möglichkeit zu widerstehen, solange Kabuto seine Handlungen kontrolliert. Trotzdem bleibt er sich selbst treu: Er freut sich aufrichtig, dass Naruto endlich die Kontrolle über den Neunschwänzigen erlangt hat, auch wenn er nicht überrascht ist, da er weiß, dass beide von Jiraiya lernten. Er empfindet keinen Hass gegen diejenigen, die ihn zum Kämpfen zwingen, und versucht sogar mitten im Kampf, den Gegnern zu helfen, indem er ihnen Ratschläge zur Neutralisierung seiner eigenen Techniken gibt. In ihm spürt man tiefe Erschöpfung vom gelebten Leben und Reue über das Begangene. Er erkennt, dass sein eigener Weg falsch war, und möchte nun, nach dem Tod, seine Schuld irgendwie sühnen. Seine Worte werden prophetisch: Er sieht in Naruto die Fortsetzung von Jiraiyas Werk und glaubt, dass nur Naruto das vollenden kann, was weder dem Lehrer noch ihm selbst gelang. In dem Moment, als Kabuto seine Persönlichkeit unterdrückt, verliert Nagato die Fähigkeit zu sprechen und nach eigenem Willen zu handeln und wird zu einer seelenlosen Waffe. Aber nachdem Itachi ihn von der Kontrolle befreit hat, findet er sich selbst wieder und verabschiedet sich von Naruto mit Hoffnung und einem Lächeln.