万花筒写轮眼——写轮眼的最高形态，仅在少数经历过创伤性冲击的宇智波族人中觉醒，通常与最珍视之人的死亡相关。眼中的勾玉图案转变为每个持有者独有的花纹，形似风车叶片。这双眼睛被称为"毫无阻碍看透万物真理的天之瞳"。
除了保留并强化写轮眼的所有基本能力外，万花筒写轮眼还赋予持有者强大的独特瞳术，左右眼通常各不相同。例如，宇智波鼬拥有天照和月读，宇智波佐助拥有天照和加具土命（可操控黑焰形态），宇智波带土和旗木卡卡西拥有时空瞳术神威，宇智波止水拥有别天神——完美的暗示系幻术。掌握双眼神力者可获得须佐能乎——由查克拉构成的巨大化身。部分持有者如斑和佐助拥有"直勾玉"，可在战斗中赋予更高的动作变化性。
每次使用万花筒瞳术都会带来巨大负担：消耗大量查克拉，身体承受剧痛，视力不可逆地下降，过度使用会导致完全失明。唯有移植血亲（最好是亲兄弟）的眼睛才能重获光明，从而形成永恒万花筒写轮眼。宇智波族人还可以预设万花筒瞳术在特定条件下触发，该程序即使在施术者死后仍保持激活状态。
移植的万花筒写轮眼可被非宇智波族人使用，且他们能够自由开启和关闭，尽管查克拉消耗远高于真正的持有者。此外，万花筒写轮眼能够更深入地解读宇智波一族的石碑，揭示普通写轮眼无法获取的知识。
