在此期间,大蛇丸已经表现出后来被称为“堕落”的特征。纲手指出,他自幼就是这样。父母的死在他心上留下了深深的印记:他在他们坟墓旁发现了一条白蛇,而火影关于转世和好运的话语促使他去探索生命的奥秘并渴望掌握所有技术。自来也认为,这条道路对大蛇丸来说是忘记痛苦的一种方式。在战争中,他表现出卓越的残忍和实用主义:当他与自来也和纲手在雨隐村发现三个孤儿时,他主张出于怜悯杀死他们,而自来也则提出要训练他们。他开始把人视为消耗品或研究对象,但同时仍对那些具备独特能力之人的发展保持兴趣。他作为天才的优越感日益增强,甚至连柱间都承认这一点。然而,他的傲慢还未发展为公开的疯狂——他仍在为木叶效力,执行任务,甚至被考虑作为第四代火影的候选人(与湊并列)。内心深处,他已经形成了为知识可以牺牲一切规范的信念,并开始秘密地对人进行实验。他与老师火影的关系在表面上仍然保持敬意,但他已经认为旧的准则具有束缚性。