大蛇丸是个天才，他的性格是在父母早逝和忍者第二次世界大战的恐怖中形成的。纲手在他童年时就称他为“腐败的”。他的主要目标是探索世界的所有奥秘并掌握所有技巧，为此他追求不朽。他轻视人类生命的脆弱，认为只有永恒才能获得真正的知识。在他身上发展出了类似神明的自负：他只重视自己和为他服务的人。他把手下当作消耗品，但如果看到潜力，他也可能对他们的发展表现出真诚的兴趣。大蛇丸施虐倾向强烈，喜欢制造恐惧并观察他人的痛苦，但这并非出于单纯的残忍，而是出于科学好奇心。他高傲自大，倾向于低估对手，这有时会导致严重后果（如与鼬或火影的战斗）。同时，他也具有洞察力强和战略思维。对他而言，背叛是自然的：他毫不犹豫地杀死了第四代风影，以操纵砂隐村，并在意识到无法获得鼬的身体后离开了晓组织。他对佐助的态度是天才的赞赏与掠夺式占有其身体的欲望的混合。大蛇丸是“稀有标本”的收藏家：他将具有独特能力的人（鬼玛罗、重吾、佐助）视为资源进行收集。
