天才战略家，智商超过200，天生的懒惰在师父去世后转化为铁一般的责任感；木叶的首席分析师，成为鸣人的得力助手。
奈良鹿丸仍然保持着惯常的懒散作风，但已无法置身于责任之外。他的智商超过200，他早已意识到自己的智慧是一种不能随意浪费的资源。阿斯玛之死成为他的转折点：他不再试图逃避责任，而是接受它，尽管仍会抱怨事情「麻烦」。他领悟了老师关于「王」（下一代）的比喻，并承担起保护村子未来的责任，包括阿斯玛未出生的女儿——未来。他的无私体现在愿意亲自为阿斯玛复仇，但行动时却冷静而精于算计。他始终是个务实者：能提出严厉的解决方案（例如在佐助成为威胁时杀死他），但同时深深忠于朋友和木叶。他对女性（母亲、井野、手鞠）的态度仍然谨慎，但逐渐学会接受她们的影响，尤其是在领会父亲的「男人没有女人会毁了自己」的忠告之后。在战争中他展现出领导才能，成为实际上的师团指挥官和联合军总参谋，但从未为权力本身而追求权力。
鹿丸专精于奈良一族的影子秘术。他的主要忍术是影真似之术：他将自己的影子与敌人的影子相连，迫使目标重复他的动作。在这个时期，他已经能够不依赖平面使用影子术，从影子中制造出长矛来刺穿目标或捕捉大型物体。他还掌握了影首缚颈术——勒住被捕获的敌人，以及影集之术，能够同时操控多个目标的影子。借助阿斯玛的查克拉刀，他使用飞燕之术，将查克拉注入刀锋以远程攻击敌人的影子。在战斗中，他积极使用影分身，既可以通过标准的分身术制造，也可以通过操控自己的影子来生成。发动大部分招式时他仍然需要结印，但结印速度很快。
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