Після закінчення Періоду Воюючих Держав та заснування Конохагакуре кланами Сенджу й Учиха, клан Сарутобі став одним із перших, хто уклав союз із новим селищем. Разом із ними в той самий період до Конохи приєднався й клан Шімура. Докладніших відомостей про ранню історію Сарутобі не збереглося — відомо лише, що вони швидко інтегрувалися в структуру селища й зайняли в ньому впливове становище. У наступні десятиліття представники клану незмінно доводили свою відданість, займаючи високі посади й передаючи з покоління в покоління бойові традиції. Конкретні деталі участі клану в великих війнах і подіях минулого залишаються за межами офіційних хронік, однак очевидно, що Сарутобі завжди знаходилися серед тих, хто брав безпосередню участь в захисті Конохи. Під час Четвертої Великої Війни Шинобі кілька членів клану билися пліч-о-пліч проти Мадари, Обіто та Десятихвостого.
