Учіха Шісуї володів видатними здатностями у галузі нінджуцу, що дозволило йому заслужити прізвисько «Шунсин но Шісуї» — «Шісуї Моментального Переміщення».
Техніка моментального переміщення (Шунсин но Дзюцу)
Головна спеціалізація Шісуї, що зробила його легендарним. Завдяки винятковій майстерності володіння чакрою та володіння всіма п’ятьма базовими природними перетвореннями, він міг переміщатися на великі відстані, залишаючи за собою лише зелений слід. Швидкість його переміщення була настільки великою, що протиники не встигали навіть помітити його рухів.
Стихийні техніки
Як істинний представник клану Учіха, Шісуї видатно володарював Стихією Вогню. Його фирмова техніка — Велика Вогняна Стінка Пожирача Вогню (Катон: Гоука Мэккёку), створювала массивну стіну вогню, здатну знищити декілька цілей одночасно. Також він використовував класичні техніки клану: Вогняна кулья великого вогню та Вогняний дракон.
Мангёку Шаринган та унікальні здатності
Пробудивши Мангёку Шаринган, Шісуї отримав доступ до однієї з найсильніших технік у світі — Котоаматсуками. Це унікальна техніка гендзюцу, що дозволяла надигати будь-які думки цілi, повністю контролюючи її розум, при цьому жертва залишалася переконаною, що діяла за власною волєю. Дана здатність не вимагала контакту очей та працювала абсолютно помітно.
Владіння зброєю
Шісуї майстросно використовував кунаї та сюрикени, застосовуючи їх у поєднанні з технікою моментального переміщення для блискавих атак. Також він володів мечом, що підтверджується його Teilnahmeю в місіях ANBU.
