Учіха Шісуі володів видатними здібностями в галузі ніндзюцу, що дозволило йому заслужити прізвисько «Шуншін но Шісуі» — «Шісуі Миттєвого Переміщення».
Техніка миттєвого переміщення (Шуншін но Дзюцу):
Головна спеціалізація Шісуі, що зробила його легендарним. Завдяки винятковій майстерності володіння чакрою та володіючи всіма п'ятьма базовими природними стихіями, він міг переміщатися на величезні відстані, залишаючи по собі лише слід. Швидкість його переміщення була настільки великою, що супротивники не встигали навіть помітити його рухи.
Стихійні техніки:
Як справжній представник клану Учіха, Шісуі чудово володів Стихією Вогню. Його фірмова техніка — Велике Полум'я Пожирача Вогню (Катон: Ґока Меккяку), створювала масивну стіну полум'я, здатну знищити кілька цілей одночасно. Також він використовував класичні техніки клану: Велику Вогняну Кулю та Вогняного дракона.
Манґекьо Шарінґан та унікальні здібності:
Пробудивши Манґекьо Шарінґан, Шісуі отримав доступ до однієї з найсильніших технік у світі — Котоамацукамі. Це унікальна техніка ґендзюцу, що дозволяла вселяти будь-які думки цілі, повністю контролюючи її розум, при цьому жертва залишалася переконаною, що діє за власною волею. Ця здібність не вимагала зорового контакту й працювала абсолютно непомітно.
Володіння зброєю
Шісуі майстерно використовував кунаї та сюрикени, застосовуючи їх у поєднанні з технікою миттєвого переміщення для блискавичних атак. Він також володів мечем, що підтверджується його участю в місіях АНБУ.
