У цей період Орочимару вже проявляє риси, які пізніше назовуть «споілзаними». Цунаде зазначає, що він був таким з дитинства. Смерть батьків залишила глибокий слід: він знайшов білу змію на їх могилі, і слова Хирузена про переродження і удачу підштовхнули його до вивчення таємниць життя та бажання володіти всіма техніками. Дзирайя припускав, що цей шлях став для Орочимару способом забути біль. На війні він проявляє видатню жорстокість і практичність: коли вони з Дзирайєю і Цунаде знайшли трьох сиріт з Амегакуре, він пропонував вбити їх з милосердя, тоді як Дзирайя береться їх тренувати. Він починає бачити в людях витратний матеріал або об’єкти для вивчення, проте при цьому зберігає інтерес до розвитку тих, хто має унікальні здібності. В ньому міцніє відчуття власного перевершення як гения, якого визнaє навіть Хашірама. Проте його гірда ще не перерослась у відкрите божевілля — він продовжує служити Конохе, виконуючи місії і навіть розглядається як кандидат на пост Четвєртого Хокаге (наряду з Мінато). Всередині вже зріває переконання, що ради знання можна жертити будь-якими нормами, і він починає таємні експерименти на людях. Його відносини з вчителем Хирузеном залишаються зовнішньо поважними, але він вже вважає старі устій обмежуючими.
