Нагато виріс чутливою дитиною, схильною до сліз від страждань оточуючих. Під впливом Яхіко він намагався пригнічувати цю рису, але згодом Джірая переконав його, що здатність відчувати чужий біль — це сила, яка дозволяє бути добрішим. У молодості Нагато ненавидів убивства і був шокований своїм першим вимушеним убивством, але щоб захистити друзів, він подолав себе.
Після смерті Яхіко Нагато кардинально змінився. Він узяв ім'я Пейн, оголосив себе богом і взяв на себе місію приносити світу мир через біль. Він переконаний, що люди ніколи не зрозуміють один одного без спільного болю, і тому готовий знищувати цілі селища, щоб створити короткі періоди спокою в нескінченному ланцюгу ненависті. Незважаючи на жорстокість його методів, він зберігає залишки колишнього благородства: він милосердний до тих, хто готовий співпрацювати, оплакує загиблих товаришів з Акацукі, не схвалює образ на адресу своїх союзників і ставиться з повагою до сильних опонентів.
Як лідер Акацукі, Нагато випромінює харизму та спокійну впевненість. Він терплячий до зухвальства Хідана, називаючи його поведінку дитячою, і не вагається вступати в бій з будь-яким опонентом. У розмовах про природу війни він розумний і навіть філософський, але його погляди на людство песимістичні: він вважає, що приводи для війни завжди знайдуться, оскільки конфлікт закладений у людській природі. Однак глибоко в душі він усвідомлює, що сам залишається звичайною людиною, яка шукає мир через доступні їй засоби.
