У молодості Нагато — чутливий та схильний до переживань юнак, якому важко переносити страждання оточуючих. Він часто плакав у дитинстві, і хоча під впливом Яхіко намагався пригнічувати цю звичку, його натура залишалася м'якою. Джірайя пояснив йому, що вміння відчувати біль інших — це не слабкість, а сила, що дозволяє бути добрішим, і Нагато сприйняв цю настанову близько до серця. Він не любить вбивати і досі пам'ятає свій перший раз, коли йому довелося позбавити життя іва-ніна, захищаючи друзів.
Він щиро вірить у ідеали Яхіко і бачить свою роль у тому, щоб підтримувати друга, а не бути лідером. Нагато не прагне влади та слави, хоча його Ріннеган уже тоді викликає в оточуючих благоговіння. Він більше за інших замислюється про природу світу та про те, як припинити нескінченні війни, але поки що не виробив власного шляху — він слідує за Яхіко, вірячи, що його друг знає, як досягти миру.
При цьому Нагато володіє внутрішньою силою, яка розкривається в моменти крайньої небезпеки. Коли життя друзів під загрозою, він перестає вагатися і діє з вражаючою рішучістю. Він дуже цінує Конан та Яхіко і готовий на все заради їхнього захисту. В спілкуванні з сторонніми він стриманий і небагатослівний, але з близькими може бути відкритим.
