Нагато вырос чувствительным ребёнком, склонным к слезам из-за страданий окружающих. Под влиянием Яхико он пытался подавить эту черту, но Дзирайя позже убедил его, что умение чувствовать боль других — это сила, позволяющая быть добрее. В юности Нагато ненавидел убивать и был потрясён своей первой вынужденной причиненной смертью, но ради защиты друзей он переступил через себя.
После смерти Яхико Нагато кардинально изменился. Он принял имя Пэйн, объявил себя богом и взял на себя миссию принести миру мир через боль. Он убеждён, что люди никогда не поймут друг друга без общей боли, и потому готов уничтожать целые деревни, чтобы создать краткие периоды покоя в бесконечной цепи ненависти. Несмотря на жестокость своих методов, он сохраняет остатки прежнего благородства: он милосерден к тем, кто готов сотрудничать, скорбит о погибших товарищах по Акацуки, не одобряет оскорбления в адрес соратников и с почтением относится к сильным противникам.
Как лидер Акацуки, Нагато излучает харизму и спокойную уверенность. Он терпеливо относится к дерзостям Хидана, называя его поведение детским, и не колеблется вступать в бой с любым противником. В разговорах о природе войны он рассудителен и даже философичен, но его взгляды на человечество пессимистичны: он считает, что причины для войны всегда найдутся, потому что конфликт заложен в природе людей. В глубине души, однако, он осознаёт, что сам остаётся всего лишь обычным человеком, который ищет мир доступными ему средствами.
