Мангекё Шаринган - высшая форма Шарингана, пробуждаемая лишь у немногих представителей клана Учиха, переживших травмирующее потрясение, как правило связанное с гибелью самого дорогого человека. Узор томоэ в глазу преображается в уникальный для каждого носителя рисунок, напоминающий лопасти вертушки. Эти глаза называют "небесными очами, без помех видящими истину всего сущего".
Помимо сохранения и усиления всех базовых способностей Шарингана, Мангекё Шаринган дарует владельцу могущественные уникальные додзюцу, которые обычно различаются для левого и правого глаза. Так, Итачи Учиха владел Аматерасу и Цукуёми, Саске Учиха - Аматерасу и Кагуцучи, позволяющим управлять формой чёрного пламени, Обито Учиха и Какаши Хатаке - пространственно-временным Камуи, а Шисуи Учиха - Котоамацуками, совершенным гендзюцу внушения. Овладевший силами Мангекё в обоих глазах обретает доступ к Сусаноо - гигантскому аватару из чакры. Некоторые носители, как Мадара и Саске, обладают "прямым томоэ", дарующим повышенную изменчивость движений в бою.
Каждое применение техник Мангекё вызывает колоссальную нагрузку: расходуется огромное количество чакры, тело пронзает мучительная боль, а зрение необратимо падает, и чрезмерное использование ведёт к полной слепоте. Вернуть утраченный свет способна лишь пересадка глаз кровного родственника, в идеале родного брата, что образует Вечный Мангекё Шаринган. Учиха также могут программировать срабатывание техник Мангекё при определённых условиях, и эта программа остаётся активной даже после смерти создателя.
Пересаженный Мангекё Шаринган может использоваться не Учиха, причём они способны свободно включать и выключать его, хотя затраты чакры для них ощутимо выше, чем для истинного носителя. Сверх того, Мангекё позволяет глубже расшифровывать каменную скрижаль клана Учиха, открывая знания, недоступные обычному Шарингану.