После окончания Периода Воюющих Государств и основания Конохагакуре кланами Сенджу и Учиха, клан Сарутоби стал одним из первых, кто заключил союз с новой деревней. Вместе с ними в тот же период к Конохе присоединился и клан Шимура. Более подробных сведений о ранней истории Сарутоби не сохранилось — известно лишь, что они быстро интегрировались в структуру деревни и заняли в ней влиятельное положение. В последующие десятилетия представители клана неизменно доказывали свою преданность, занимая высокие посты и передавая из поколения в поколение боевые традиции. Конкретные детали участия клана в крупных войнах и событиях прошлого остаются за рамками официальных хроник, однако очевидно, что Сарутоби всегда находились в числе тех, кто принимал непосредственное участие в защите Конохи. Во время Четвёртой Великой Войны Шиноби несколько членов клана сражались бок о бок против Мадары, Обито и Десятихвостого.
