Учиха Шисуи обладал выдающимися способностями в области ниндзюцу, что позволило ему заслужить прозвище «Шуншин но Шисуи» — «Шисуи Мгновенного Перемещения».
Техника мгновенного перемещения (Шуншин но Дзюцу):
Главная специализация Шисуи, сделавшая его легендарным. Благодаря исключительному мастерству владения чакрой и владея всеми пятью базовыми природными стихиями, он мог перемещаться на огромные расстояния, оставляя после себя лишь след. Скорость его перемещения была настолько велика, что противники не успевали даже заметить его движения.
Стихийные техники:
Как истинный представитель клана Учиха, Шисуи превосходно владел Стихией Огня. Его фирменная техника — Великое Пламя Пожирателя Огня (Катон: Гока Меккяку), создавала массивную стену пламени, способную уничтожить несколько целей одновременно. Также он использовал классические техники клана: Великий Огненный Шар и Огненный дракон.
Мангекё Шаринган и уникальные способности:
Пробудив Мангекё Шаринган, Шисуи получил доступ к одной из сильнейших техник в мире — Котоамацуками. Это уникальная техника гендзюцу, позволявшая внушать любые мысли цели, полностью контролируя её разум, при этом жертва оставалась убеждённой, что действует по собственной воле. Данная способность не требовала зрительного контакта и работала абсолютно незаметно.
Владение оружием
Шисуи мастерски использовал кунаи и сюрикены, применяя их в сочетании с техникой мгновенного перемещения для молниеносных атак. Он также владел мечом, что подтверждается его участием в миссиях АНБУ.