В молодости Данзо был вспыльчивым и ревнивым, постоянно чувствуя себя в тени Хирузена Сарутоби и не желая ни на кого полагаться. С годами он превратился в абсолютно хладнокровного и расчётливого человека, не позволявшего эмоциям выходить наружу. Его главным принципом стало убеждение, что интересы деревни превыше любой морали, этики и личных привязанностей. Ради процветания Конохи он был готов на любые злодеяния, включая убийства, шантаж и манипуляции, искренне считая такой путь единственно верным. Данзо ненавидел мягкотелость предыдущих Хокаге и открыто заявлял, что именно она привела деревню к разрушению. Он создал Корень, воспитывая сирот как бездушные инструменты, и ставил им печати на язык, чтобы никто не разгласил его тайн. При этом сам он панически боялся смерти, пряча этот страх за рассуждениями о необходимости выжить ради будущего всего мира шиноби. Лицемерие было его второй натурой: он проповедовал самопожертвование, но сам десятилетиями избегал его. К соперникам он был завистлив и беспощаден, что проявилось в попытке убить Хирузена руками Корня и в готовности уничтожить клан Учиха чужими руками. Даже похищение глаза Шисуи, потомка его бывшего соратника, не вызвало у него колебаний. В последнем бою с Саске он проявил крайнюю самоуверенность, полагая, что лишь он способен изменить мир, но был сломлен физически и морально. Перед смертью он наконец признал, что так и не смог сравниться с Хирузеном, и задался вопросом, кем он был для старого друга. Единственным достойным поступком в его конце стало уничтожение глаза Шисуи, чтобы он не достался врагу, и попытка забрать с собой Саске с Тоби.
