В детстве Орочимару уже производил впечатление «испорченного» — по словам Цунаде, он был таким с самого начала. Смерть родителей оставила глубокую рану: он стал замкнутым, редко делился переживаниями, но при этом проявлял недетский интерес к вопросам жизни и смерти. Именно в этот период он нашёл у могилы родителей белую змею, и слова Хирузена о том, что белая змея символизирует перерождение и удачу, пробудили в нём жгучую жажду познать все тайны мира. Дзирайя позже предполагал, что Орочимару пошёл по этому пути, пытаясь заглушить боль утраты. Уже тогда он был гениален: выделялся среди сверстников, быстро осваивал техники и проявлял аналитический склад ума. Вместе с тем в нём проступали жестокость и цинизм, не свойственные обычным детям — он мог хладнокровно оценивать ситуацию и предлагать радикальные решения (например, позже, во время войны, предложил убить троих сирот из Аме, чтобы не создавать лишних проблем). В команде с Дзирайей и Цунаде он держался отстранённо, но они быстро признали его превосходство в таланте. Орочимару уже тогда считал, что ради знаний можно пренебречь любыми нормами, хотя в столь юном возрасте это ещё не вылилось в открытые преступления.