В молодости Нагато — чувствительный и склонный к переживаниям юноша, который тяжело переносит страдания окружающих. Он часто плакал в детстве, и хотя под влиянием Яхико пытался подавить эту привычку, его натура оставалась мягкой. Дзирайя объяснил ему, что умение чувствовать боль других — это не слабость, а сила, позволяющая быть добрее, и Нагато воспринял это наставление близко к сердцу. Он не любит убивать и до сих пор помнит свой первый раз, когда ему пришлось лишить жизни ива-нина, защищая друзей.
Он искренне верит в идеалы Яхико и видит свою роль в том, чтобы поддерживать друга, а не быть лидером. Нагато не стремится к власти и славе, хотя его Ринеган уже тогда вызывает у окружающих благоговение. Он больше других задумывается о природе мира и о том, как прекратить бесконечные войны, но пока не выработал собственного пути — он следует за Яхико, веря, что его друг знает, как достичь мира.
При этом Нагато обладает внутренней силой, которая раскрывается в моменты крайней опасности. Когда жизни друзей под угрозой, он перестаёт колебаться и действует с поразительной решимостью. Он очень дорожит Конан и Яхико и готов на всё ради их защиты. В общении с посторонними он сдержан и немногословен, но с близкими может быть открытым.
