Tomoe Rinnegan to unikalna forma Rinnegana, przebudzona w lewym oku Sasuke Uchihy po otrzymaniu połowy czakry Hagoromo Ōtsutsukiego. Cechą charakterystyczną są po trzy tomoe na każdym z dwóch wewnętrznych kręgów oka, łącznie sześć. W przeciwieństwie do zwykłego Rinnegana, to dōjutsu nie potrafi przełączać się na inne wersje dōjutsu (jak u Madary), jednak zachowuje wszystkie zdolności lewego Mangekyō Sharingana Sasuke, w tym Amaterasu i różne genjutsu.
Możliwości Tomoe Rinnegana obejmują cały wachlarz Techniki Sześciu Ścieżek: przyciąganie i odpychanie przez Ścieżkę Dewy, pochłanianie czakry przez Ścieżkę Preta, tworzenie Chibaku Tensei i tak dalej. Oko pozwala widzieć niewidzialne obiekty, odbijać światło Nieskończonego Tsukuyomi i zamieniać Susanoo w naczynie na czakrę bestii ogoniastych. Unikalną zdolnością jest rozpoznawanie wzorców, pozwalające analizować prawidłowości w kodach i tekstach, wydobywając maksimum informacji z minimum symboli. Koronne przestrzenno-czasowe dōjutsu Amenotejikara natychmiast zamienia miejscami dwa obiekty w określonym promieniu.
