Uchiha Shisui posiadał wyjątkowe umiejętności w dziedzinie ninjutsu, co pozwoliło mu zasłużyć na przydomek «Shunshin no Shisui» – «Shisui Szybkiego Przemieszczania».
Technika błyskawicznego przemieszczania (Shunshin no Jutsu)
Główna specjalizacja Shisui, która uczyniła go legendarną. Dzięki wyjątkowemu opanowaniu czakry i znajomości wszystkich pięciu podstawowych przemian natury, mógł przemieszczać się na ogromne odległości, pozostawiając po sobie jedynie zielony ślad. Prędkość jego przemieszczania była tak wysoka, że przeciwnicy nie byli w stanie nawet zauważyć jego ruchów.
Techniki żywiołowe
Jak prawdziwy przedstawiciel klanu Uchiha, Shisui doskonale władał Pierwiastkiem Ognia. Jego znakowa technika – Wielki Płomień Pożeracza Ognia (Katon: Gōka Mekkyoku) – tworzyła masywny mur płomieni, zdolny zniszczyć kilka celów jednocześnie. Ponadto stosował klasyczne techniki klanu: Wielką Kulę Ognia i Ognistego Smoka.
Mangekyō Sharingan i unikalne zdolności
Po obudzeniu Mangekyō Sharingan, Shisui uzyskał dostęp do jednej z najpotężniejszych technik na świecie – Kotoamatsukami. To unikalna technika genjutsu, pozwalająca wszczepiać dowolne myśli celi, całkowicie kontrolując jej umysł, przy tym ofiara pozostawała przeświadczona, że działa według własnej woli. Ta zdolność nie wymagała kontaktu wzrokowego i działała całkowicie niezauważalnie.
Posługiwanie się bronią
Shisui mistrzowo używał kunai i shurikenów, łącząc je z techniką błyskawicznego przemieszczania dla błyskawicznych ataków. Posiadał także umiejętność posługiwania się mieczem, co potwierdza jego udział w misjach ANBU.
