Uchiha Shisui posiadał wybitne zdolności w dziedzinie ninjutsu, co pozwoliło mu zasłużyć na przydomek „Shunshin no Shisui" — „Shisui Natychmiastowego Przemieszczenia".
Technika natychmiastowego przemieszczenia (Shunshin no Jutsu):
Główna specjalizacja Shisui, która uczyniła go legendarnym. Dzięki wyjątkowej biegłości w władaniu chakrą i opanowaniu wszystkich pięciu podstawowych żywiołów natury, mógł przemieszczać się na ogromne odległości, pozostawiając po sobie jedynie ślad. Szybkość jego przemieszczania się była tak wielka, że przeciwnicy nie zdążyli nawet zauważyć jego ruchu.
Techniki żywiołowe:
Jako prawdziwy przedstawiciel klanu Uchiha, Shisui doskonale władał Żywiołem Ognia. Jego firmowa technika — Wielki Płomień Pożeracza Ognia (Katon: Gōka Mekkyaku), tworzyła masywną ścianę płomieni, zdolną zniszczyć kilka celów jednocześnie. Używał także klasycznych technik klanu: Wielkiej Kuli Ognia i Ognistego Smoka.
Mangekyō Sharingan i unikalne zdolności:
Przebudziwszy Mangekyō Sharingan, Shisui uzyskał dostęp do jednej z najpotężniejszych technik na świecie — Kotoamatsukami. To unikalna technika genjutsu, pozwalająca wmówić celowi dowolne myśli, całkowicie kontrolując jego umysł, przy czym ofiara pozostawała przekonana, że działa z własnej woli. Zdolność ta nie wymagała kontaktu wzrokowego i działała całkowicie niezauważalnie.
Władanie bronią
Shisui po mistrzowsku używał kunaiów i shurikenów, stosując je w połączeniu z techniką natychmiastowego przemieszczenia do błyskawicznych ataków. Władał także mieczem, co potwierdza jego udział w misjach ANBU.
