Orochimaru to geniusz, którego charakter ukształtował się pod wpływem wczesnej śmierci rodziców i okropności Drugiej Wojny Shinobi. Tsunade nazywa go „zepsutym" już w dzieciństwie. Jego głównym celem jest poznanie wszystkich tajemnic świata i opanowanie wszystkich technik, do czego dąży poprzez nieśmiertelność. Gardzi kruchością ludzkiego życia i uważa, że tylko wieczność pozwoli osiągnąć prawdziwą wiedzę. Rozwinął w sobie kompleks bogopodobny: ceni jedynie siebie i tych, którzy służą jego celom. Do swoich podwładnych odnosi się jak do materiału jednorazowego, ale jednocześnie może okazywać szczere zainteresowanie ich rozwojem, jeśli dostrzega potencjał. Orochimaru jest sadystyczny, lubi siać strach i obserwować cierpienie innych, ale czyni to nie z prostej okrutności, lecz z naukowej ciekawości. Jest wyniosły i skłonny nie doceniać przeciwników, co czasami prowadzi do poważnych konsekwencji (jak w bitwie z Itachim lub z Hiruzenem). Jednocześnie odznacza się przenikliwym umysłem i strategicznym myśleniem. Zdrada jest dla niego naturalna: bez wahania zabił Czwartego Kazekage, aby manipulować Sunagakure, i opuścił Akatsuki, gdy zrozumiał, że nie może zdobyć ciała Itachiego. Jego stosunek do Sasuke to mieszanka podziwu dla geniuszu i drapieżnego pragnienia zawładnięcia jego ciałem. Orochimaru to kolekcjoner „rzadkich okazów": ludzi o wyjątkowych zdolnościach (Kimimaro, Jūgo, Sasuke), których gromadzi jako zasoby.
