나가토는 주변의 고통을 보면 쉽게 눈물을 흘리는 섬세한 아이로 자랐다. 야히코의 영향 아래 그는 이런 특성을 억누르려 했으나, 나중에 지라이야는 타인의 고통을 느끼는 능력이 사람을 더 친절하게 만드는 힘이라고 그를 설득했다. 젊었을 때 나가토는 살인을 싫어했고 첫 강제 살인에 충격을 받았지만, 친구들을 지키기 위해 자신을 극복했다.
야히코의 죽음 이후 나가토는 급격히 변했다. 그는 페인이라는 이름을 받아들이고 스스로를 신이라 선언하며, 고통을 통해 세계에 평화를 가져오는 사명을 띠었다. 그는 공통의 고통 없이는 사람들이 서로 이해할 수 없다고 확신하며, 따라서 증오의 끝없는 연쇄 속에서 짧은 평화의 시간을 만들기 위해 마을 전체를 파괴할 준비가 되어 있다. 방법의 잔인함에도 불구하고 그는 과거의 고귀함의 잔재를 보존한다: 협력할 준비가 된 자들에게 관대하고, 전사한 아카츠키 동료들을 애도하며, 동료에 대한 모욕을 용납하지 않고, 강한 적을 존중으로 대한다.
아카츠키의 리더로서 나가토는 카리스마와 침착한 자신감을 발산한다. 그는 히단의 무례함에 인내심을 보이며 그의 행동을 유치하다고 칭하지만, 어떤 적과의 전투에서도 망설이지 않는다. 전쟁의 본질에 대한 대화에서는 이성적이고 철학적이지만, 인류에 대한 그의 관점은 비관적이다: 그는 인간 본성에 갈등이 내재되어 있기 때문에 전쟁의 이유는 항상 찾아진다고 믿는다. 하지만 영혼 깊숙이 그는 자신이 단지 이용 가능한 수단을 통해 평화를 찾는 평범한 인간일 뿐임을 인식하고 있다.
