젊었을 때의 나가토는 민감하고 감정이 풍부한 소년으로, 주변 사람들의 고통을 견디기 힘들어했다. 그는 어릴 때 자주 울었고 야히코의 영향으로 그 습관을 억누르려 했지만, 그의 본성은 여전히 부드러웠다. 지라이야는 타인의 고통을 느끼는 것이 약점이 아니라 더욱 친절해질 수 있는 힘이라고 설명했고, 나가토는 이 가르침을 마음 깊이 새겼다. 그는 살인을 좋아하지 않으며, 친구들을 지키기 위해 이와닌의 목숨을 빼앗아야 했던 첫 경험을 아직도 기억하고 있다.
그는 야히코의 이상을 진심으로 믿으며 자신의 역할은 리더가 아닌 친구를 돕는 것이라고 생각한다. 나가토는 권력과 명예를 추구하지 않는데, 비록 그의 린네간이 이미 주변 사람들로부터 경외심을 불러일으키고 있었지만 말이다. 그는 세상의 본질과 끝없는 전쟁을 어떻게 멈출 수 있을지 남들보다 더 깊이 생각하지만, 아직 자신만의 길을 찾지 못했다. 그는 야히코를 따르며 그 친구가 평화를 어떻게 이룰 수 있는지 알고 있을 것이라 믿는다.
한편 나가토는 극도의 위험한 순간에 드러나는 내면의 힘을 지니고 있다. 친구들의 목숨이 위태로울 때 그는 망설임을 버리고 놀라운 결단력으로 행동한다. 그는 코난과 야히코를 매우 소중히 여기며 그들을 지키기 위해 무엇이든 할 준비가 되어 있다. 낯선 사람들과는 과묵하고 말이 적지만, 가까운 사람들에게는 솔직해질 수 있다.
